Исток буддийской тантры Дхарани-питаки Дхармагуптаки с Махасангхикой. Тогда и Атхарваведы не было.

Культы Шивы, которые оставили наиболее глубокий след на высших и наивысших буддистских тантрах, – это культы, принадлежащие к mantrapïţha, или «местопребыванию мантр», и vidyāpïţha, или «местопребывание видья», причем оба культа являются подразделениями внутри течения завета Шивы, известного как mantramarga, или «путь мантр» (Sanderson 1988: 668ff). Поклонение в mantrapïţha относилось к ипостаси Шивы, называемому бхайрава (ужасающий), гневной форме бога, обитающей в местах погребения, в союзе с одинаково ужасающим консортом, таким как Svacchandabhairava (или Aghora) и его консорт, Aghoreśvari. Элементы погребальных мест ещё более очевидны в Vidyapitha, где они относятся главным образом к эзотерическим культам, базирующимся на женской энергии (śaktih), таким, как культы Трика и Крама. Трика сосредоточен на трёх богинях – Пара, Апара и Парапара, у которых есть подчинённые консорты в форме бхайрав и свита из женских и мужских божеств. Культы Крама содержат проявления яростных форм богини Кали. В одной из наивысших форм недвойственного шайвизма поклонение богине осуществляется внутри мандалы из двенадцати идентичных Кали; богиня проявляется одна, без консорта, и, более того, попирает труп Бхайравы, или носит части его расчленённого тела в качестве украшений (там же, 674-75). Vidyapitha считает себя связанной, но более высокой, чем mantrapïţha , так же, как буддистские йогинитантры считают себя родственными, но высшими по сравнению с йогаттаратантрами. Именно из традиции Vidyapitha йогинитантры почерпнули больше всего.

Культ Бхайравы действительно еще был в Мантрапитхе:

http://www.surajamrita.com/buddhism/NondualShaivism.html

Ученые тоже сходятся во мнении, что на поздней стадии буддийские тантры полагаются на сочинения шиваитов. Девид Снеллгров даже предложил разделить все буддийские тантры на две группы: связанные с махаяной и связанные с шакто-шиваизмом. В принципе, все это хорошо вписывается в буддийскую мифологию, где говорится, что ануттара тантры были открыты для шайвов с предрасположенностью к вожделению поэтому они так похожи на них.

Чакрасамвара/Ваджраварахи - это трансформация Бхайравы/Каларатри, главных божеств шиваитской видьяпитхи. Можно сколько угодно кивать на "африканские" племенные культы, которые переиначил добрый буддизм, но доказательств тому нет. А если все же есть, то где они? Текстуальная зависимость буддийских текстов только подтверждает эту версию.

"Бхавабхути (VIII в.) в своей драме «Малати-мадхава» выводит капалика по имени Агхорагханта, приносящего деву Малати в жертву богине Чамунде. Похожий эпизод имеется и в «Прабодха Чхандродайе», написанной в 1065 г. санньяси Кришнамишрой. В ней персонаж-капалик заявляет: «Мое ожерелье и украшение — человеческие кости; я живу там, где сжигают мертвецов, и ем из черепов... Мы пьем вино из черепов брахманов, хворостом для наших священных костров служат мозги и легкие, смешанные с плотью; трупы людей, измазанные свежей кровью, вытекшей из страшных ран на их шеях, — подношения, которыми мы радуем ужасного бога [Махабхайраву]"

Буддийский тантризм сформировался в 7 веке, в 8 уже существовала Ануттара.
Шиваитский тантризм сформировался в 9 веке.