Мантра Будды Шакьямуни

Вполне может, т.к. в коротких мантрах зачастую падежи не соблюдаются. Могу привести примеры из тибетских тантр, если очень потребуется.

из тибетских тантр

Ещё вариант: ॐ मुनि मुनि महामुनि शाक्यमुनये स्वाहा

И другие здесь: https://www.dsbcproject.org/canon-text/content/384/1772

Не знаю, чего там и у кого котируется, с ваших слов, но ламы в университетах изучают классический индийский санскрит.

Особенно когда сдают на степень Геше и тп.  

Например в мантрах этой тантры можно найти ошибки в падежах: https://read.84000.co/translation/UT22084-095-002.html

The Sanskrit text below has been reconstructed based mainly on the three manuscripts listed in the abbreviations below. In addition, the Degé recension of the Tibetan translation was consulted for sections containing transliterated Sanskrit such as the mantras or the proper names, and the Sādhanamālā for the short section which is paralleled in one of the sādhanas (no. 264) of Bhūtaḍāmara.

app.­1
The present edition is not a fully critical one, and one needs to be aware of a few important points. First, minor amendments (mostly orthographical, but also some grammatical) have not been reported in the critical apparatus. Second, the edition follows by default manuscript G without reporting variant readings unless the adopted reading comes from a manuscript other than G. Third, in instances where variants are reported, the primary referent was manuscript A; manuscript B was used only when neither G nor A made sense, or when the reading offered by it seemed particularly relevant. The text quoted in the lemmata, if the scribe’s corrections were involved, always represents the post correctionem version. In places where correcting flawed grammar would require arbitrary guesses, the favored option was to keep the text of the sources unchanged.

Для вида изучают. Последний, кто официально владел санскритом, был Сакья Пандита в 12-м веке, который занимался с несколькими педагогами для этого. Может какие-нибуль единицы есть, кто себе это в состоянии позволить, но они не отсвечивают. Даже редакции от ближайшего окружения ЕДСЛ - это обнять и плакать без диакритики.

Почему эти образованные люди за столько то лет "бекандзе", "соха" и "амидева" не переделали?

Да, вариативность в записях одной мантры это вполне обычное дело. Также и в индуистских тантрах. Например у индуистов в разных тантрах мантра Дакшинакали записана двумя-тремя различными способами. И никто точно не знает какой из них верный.

никто точно не знает какой из них верный

Так университетскую программу ламаизма составляли пандиты, а не васи пупкины.

Сам Падмасамбхава был индусом и принёс им мантры на классическом санскрите.

Зачем же переделывать, достаточно просто произносить верно.

А деревенщины и пусть произносят как могут.

Падмасамбхава - это тибетский миф.

В буддийских мантрах записанных сиддхамом, сколько их видел, используется классический санскрит.